Ông Lê Nguyễn Minh Quang, Trưởng  BQL ĐSĐT cho biết dự án được “thai nghén” vào năm 2006. Tại thời điểm đó, đơn vị tư vấn trong nước thiếu kinh nghiệm do loại hình đường sắt đô thị (metro) còn quá mới mẻ tại Việt Nam nên chưa cập nhật được giá trị đầu tư thực tế.
“Điều này dẫn đến nguồn vốn đầu tư theo ước tính ban đầu chỉ 17.000 tỷ đồng. Đến năm 2008, được Chính phủ đồng ý, đơn vị tư vấn Nhật Bản có nhiều kinh nghiệm tính lại sát với thực tế thì tổng mức đầu tư của dự án tăng lên 47.000 tỷ đồng. UBND TPHCM đã mời đơn vị thẩm định của Singapore đánh giá lại cho khách quan; tổ chức lấy ý kiến và được nhiều bộ ngành đồng tình. Từ đó, UBND TPHCM mới báo cáo và được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt”, ông Quang cho biết. 
Nếu tính theo tỷ giá hối đoái, tuyến metro số 1 giai đoạn 1 (Bến Thành – Suối Tiên) từ tổng mức đầu tư được duyệt ban đầu gần 1 tỷ USD đã tăng lên 2,49 tỷ USD. Ngoài việc đội vốn gấp nhiều lần, dự án này đang lâm vào tình trạng thiếu tiền kinh niên để thanh toán cho nhà thầu thi công. 
Theo ông Lê Nguyễn Minh Quang, nhu cầu vốn cho tuyến metro số 1 cho cả năm 2017 ở mức 5.400 tỷ đồng nhưng đến tháng 4/2017, Trung ương chỉ phân bổ khoảng 2.000 tỷ đồng. Do nhà thầu không được thanh toán, không có tiền trả cho công nhân dịp Tết 2017, UBND TPHCM phải tạm ứng 600 tỷ đồng và mới đây ứng tiếp 500 tỷ đồng để thanh toán cho nhà thầu. Số tiền này như muối bỏ biển vì bình quân mỗi tháng, TPHCM cần thanh toán cho nhà thầu từ 500 – 600 tỷ đồng. 
Ông Lê Văn Khoa, Giám đốc Ban Quản lý dự án 2 cho biết dự án tuyến metro số 2, giai đoạn 1 (Bến Thành – Tham Lương) cũng đang bị “đội vốn”. Tổng mức đầu tư được phê duyệt ban đầu là 1,374 tỷ USD đã tăng lên tới 2,173 tỷ USD.
Theo BQL ĐSĐT, đến nay gói thầu CP1a - xây dựng đoạn ngầm từ nhà ga Bến Thành đến ga nhà hát thành phố của dự án tuyến metro số 1 đã đạt 13,5% tổng khối lượng thi công. Gói thầu CP1b - xây dựng đoạn ngầm từ ga nhà hát thành phố đến ga Ba Son đạt 51% khối lượng.
Về tiến độ dự án đào đường hầm ngầm phía Đông tuyến Metro số 1 đến nay thiết bị robot TBM đào ngầm đường hầm phía Đông đã thi công được 430 m, dự kiến đến tháng 10/2017 sẽ hoàn thành vượt trước tiến độ. Sau đó robot TBM sẽ tiếp tục thi công đường hầm phía Tây.
Gói thầu CP2 - xây dựng đoạn trên cao và depot từ ga Ba Son đến depot Long Bình đạt 69,5%. Gói thầu CP3 – mua sắm thiết bị cơ điện, đầu máy toa xe, đường ray và bảo dưỡng đạt 18%. Riêng gói thầu CP4 – hệ thống thông tin cho đơn vị vận hành và bảo dưỡng dự kiến sẽ triển khai thiết kế kỹ thuật vào đầu năm 2018.
Dự kiến vào tháng 10 tới, các nhà thầu sẽ cho lắp đặt đường ray đoạn đi trên cao từ cầu Rạch Chiếc đến cầu vượt Xa lộ Hà Nội. Tuy nhiên, các thiết bị nhập khẩu phục vụ công tác thi công hiện nay đang bị kẹt ở cảng do trước đây Bộ Tài chính thông báo hàng hóa, thiết bị nhập khẩu để thi công tuyến metro được miễn thuế nhưng mới đây lại có thông tư mới sẽ tính thuế.
Ông Quang cho hay UBND TPHCM đã làm việc với Hải quan thành phố, báo cáo Tổng cục Hải quan sớm tháo gỡ để kịp thi công dự án đảm bảo tiến độ đề ra.
Để giải quyết bài toán đói vốn, đảm bảo tiến độ thi công tuyến metro số 1, ông Quang cho biết, lãnh đạo TPHCM đã có nhiều văn bản giải trình Bộ Kế hoạch & Đầu tư nhưng đến nay vẫn chưa được giải quyết. 
Dự án Metro Bến Thành - Suối Tiên được khởi công vào tháng 8/2012 với tổng chiều dài gần 20 km, đi qua các quận 1, 2, 9, Bình Thạnh, Thủ Đức (TP HCM) và huyện Dĩ An (Bình Dương), trong đó có 2,6 km đi ngầm (3 nhà ga) và hơn 17 km trên cao (11 nhà ga). Công trình dự kiến đưa vào khai thác năm 2020.