Công văn của UBND tỉnh Yên Bái nêu rõ, thực hiện Kết luận số 2681/KL-TTCP ngày 20/10 của Thanh tra Chính phủ về thanh tra việc quản lý đất đai, cấp phép xây dựng và quản lý xây dựng; việc chấp hành pháp luật về minh bạch tài sản, thu nhập liên quan tới khu đất tại tổ 42, 52 phường Minh Tân, thành phố Yên Bái; Tỉnh ủy, UBND tỉnh Yên Bái đã khẩn trương, nghiêm túc triển khai các biện pháp xử lý, khắc phục theo đúng nội dung kết luận và kiến nghị của Thanh tra Chính phủ, bao gồm việc xem xét, xử lý các cán bộ có vi phạm đã được nêu trong Kết luận thanh tra.
 Với tinh thần thẳng thắn, nghiêm túc và cầu thị, Ban Thường vụ Tỉnh ủy, UBND tỉnh Yên Bái đã căn cứ các quy định của Đảng về xử lý kỷ luật đảng viên, các văn bản quy phạm pháp luật của Nhà nước về xử lý kỷ luật cán bộ, công chức, đối chiếu với nội dung Kết luận thanh tra, tiến hành xem xét, xử lý kỷ luật đối với các cán bộ thuộc diện Ban Thường vụ Tỉnh ủy quản lý; đồng thời chỉ đạo các cơ quan chức năng của tỉnh khẩn trương tiến hành kiểm điểm trách nhiệm, xử lý kỷ luật các cán bộ, công chức thuộc thẩm quyền quản lý theo phân cấp quản lý cán bộ.
Ngoài việc kỷ luật cảnh cáo, cho thôi giữ chức Giám đốc Sở TN&MT tỉnh Yên Bái đối với ông Phạm Sỹ Quý, công văn của UBND tỉnh Yên Bái cũng cho biết, áp dụng hình thức kỷ luật khiển trách đối với các ông Trần Xuân Thủy, Chủ tịch UBND thành phố Yên Bái và ông Nguyễn Yên Hiền, Phó Chủ tịch UBND thành phố Yên Bái. Các quyết định thi hành kỷ luật có hiệu lực thi hành kể từ ngày 27/10.
Ngoài ra, UBND tỉnh cũng cho biết, đối với các trường hợp cán bộ, công chức có vi phạm theo phân cấp thuộc thẩm quyền quản lý của các cơ quan chức năng của tỉnh, hiện nay các cơ quan này đang xem xét, xử lý kỷ luật theo thẩm quyền.
Trước đó, liên quan đến vụ việc của ông Phạm Sỹ Quý, TTCP kết luận, UBND thành phố Yên Bái cho phép bà Huệ (vợ ông Quý) chuyển đổi mục đích sử dụng hơn 13.000 m2 đất nông nghiệp sang đất ở nhưng không thẩm định nhu cầu chuyển đổi mục đích sử dụng đất là không đúng quy định. Trách nhiệm chính thuộc về Phó Chủ tịch UBND thành phố Yên Bái đã ký các quyết định cho phép bà Huệ chuyển đổi mục đích sử dụng đất và Chủ tịch UBND thành phố Yên Bái với vai trò là người đứng đầu, Phòng TN&MT thành phố Yên Bái và các cá nhân có liên quan.