Để khắc phục tình trạng trên, Bộ trưởng cho biết Bộ sẽ phối hợp Bộ KH&ĐT, Tài chính để hoàn thiện cơ chế đầu tư tài chính; tham mưu để Thủ tướng dành kinh phí thích đáng cho ứng dụng CNTT và xây dựng Chính phủ điện tử; có cơ chế huy động nguồn tài chính của DN, xã hội, thực hiện xã hội hoá.
Tuy nhiên, Chủ nhiệm Uỷ ban Tư pháp của Quốc Lê Thị Nga bày tỏ sự băn khoăn trước nguyên nhân “chi cho Chính phủ điện tử chưa đáp ứng yêu cầu”. Trích các báo cáo, bà Nga dẫn chứng, chi cho Chính phủ điện tử, trong 3 năm trở lại đây đều là trên 6.000 tỷ đồng/năm, trong đó có năm lên đến hơn 6.800 tỷ đồng.
Trích thêm dẫn chứng trong báo cáo về phòng chống tham nhũng, bà Nga cho hay, việc đầu tư cho công nghệ thông tin thời gian qua chi phí lớn nhưng bộ máy lại chưa giảm, hoặc giảm chưa tương xứng với số tiền đầu tư. “Số tiền đầu tư đó có phải nhỏ không, hiệu quả đã tương xứng với kết quả đầu tư chưa”, bà Nga chất vấn?
Về những ý kiến trên, Bộ trưởng Trương Minh Tuấn cho biết, kinh phí xây dựng ứng dụng công nghệ thông tin và Chính phủ điện tử chưa đáp ứng yêu cầu cụ thể. Theo quyết định của Chính phủ giai đoạn 2011- 2015 bố trí hơn 11 nghìn tỷ đồng. Tuy nhiên do khó khăn về vốn nên kinh phí bố trí ứng dụng công nghệ thông tin rất thấp, chỉ trên và dưới 100 tỷ đồng, đạt khoảng 20% nhu cầu về vốn.
Giai đoạn 2016- 2020, mục tiêu về ứng dụng công nghệ thông tin là trên 7000 tỷ đồng, ngân sách bố trí là 2000 tỷ nhưng theo thông báo chí đáp ứng được 800 tỷ đồng.  ‘Số liệu đại biểu nêu là chi phí cho cả hạ tầng thông tin, mà hạ tầng thông tin thì cần chi phí rất lớn”, Bộ trưởng Tuấn giải thích thêm.